Сергей Михайлович родился 5 апреля 1921 года в деревне Явулин, ранее входившей в состав Пролетарского сельсовета. В 1939 году поступил в Ленинградское военно-инженерное училище имени А. А. Жданова. Вся жизнь С. М. Малюгина была связана с инженерными войсками. В 1941 году после окончания училища молодого лейтенанта направили на Кавказ, где он принимал участие в боях по обороне горных перевалов Главного Кавказского хребта (в должности командира роты, а затем инженера 810-го стрелкового полка 394-й стрелковой дивизии Закавказского фронта). В августе 1942 года Сергей Михайлович получил ранение на Марухском перевале. После выздоровления с ноября 1942 года был помощником начальника, затем начальником отделения управления ВПС Закавказского фронта (в последующем 1-го Украинского фронта).
В дальнейшем Сергей Михайлович участвовал в освобождении Северного Кавказа, Украины, Польши, принимал активное участие в Висло-Одерской операции. Войну закончил на Эльбе в звании капитана.
В 1949 году поступил в Военно-инженерную академию имени В. В. Куйбышева. Служил на разных должностях. В ноябре 1987 года был уволен в запас и работал доцентом кафедры Военно-инженерной академии имени Куйбышева. Участник ликвидации последствий аварии на ЧАЭС в 1986 году.
Родина высоко оценила мужество и героизм С. М. Малюгина, наградив его 5 орденами Красной Звезды (один из них в мирное время), орденами «Отечественная война» и «За службу Родине в ВС СССР», медалями «За боевые заслуги», «За оборону Кавказа», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.» и другими наградами.
Умер Сергей Михайлович в 2002 году и похоронен в Москве.
В книге «Тайна Марухского ледника», вышедшей в 1966 году в издательстве «Советская Россия», авторы В. Гнеушев, А. Попутько писали, что не считают работу законченной и просили горных туристов, альпинистов, жителей высокогорных районов Кавказа, участников боев и их родственников сообщать им обо всем, что станет известным, что откроется нового в героической истории обороны Кавказа. Просьба была услышана.
Одним из первых откликнулся на призыв раскрыть тайну Марухского ледника Сергей Михайлович Малюгин. Он участвовал в боях на перевале и хорошо помнил не только основные события, но и многие детали, фамилии офицеров штаба полка. С. М. Малюгин раскрыл общую картину первых боев, дал нити для поисков командира полка В. А. Смирнова, помначштаба Окунева и других.
Сергей Михайлович вспоминал: «Очень хорошо помню тот день, – когда прибыл в полк, который находился на побережье Черного моря и усиленно готовился к предстоящим боям. Представился командиру полка майору Смирнову. Он строго посмотрел на меня и улыбнулся. Это меня несколько обескуражило, и сам того не замечая, я ответил на вопрос, которого мне не задали: «1921 года рождения, товарищ майор».
Мы с боевыми товарищами сдружились. Дела по службе пошли хорошо. Безмерно был рад командир саперного взвода младший лейтенант Иван Лапин — с моим появлением командир полка его больше не вызывает. Лапин не любит быть на глазах у начальства. А взвод Лапина хорош. Вместе с командиром в нем 21 человек, 17 национальностей. Все это не мешало хорошо учиться, дружить. Хуже обстояло во взводе дело с песней. Пели только одну «Ой при лужке, при луне» и притом на разных языках, но на один мотив. Получалось весьма музыкально».
С. М. Малюгин в своем повествовании рассказывал о дружбе однополчан, о своих сослуживцах. Описывал события, связанные с форсированием перевалов Марухский и Наурский. Вспоминал о тяжелых боях на Клухорском перевале. С глубоким уважением отзывался о людях, для которых военное дело стало профессией и которые по-настоящему влюблены в нее. С гордостью писал о той закалке, какую получили участники событий Великой Отечественной войны, о верности воинской присяге, настойчивости в достижении цели и о том, как все это передавалось молодому поколению офицеров и солдат уже в мирное время.
